Можно без преувеличения сказать, что митрополит Никодим - один из самых выдающихся церковных деятелей РПЦ второй половины XX века. Еще при жизни он был весьма пререкаемой личностью. Многое из того, что он делал, вызывало противоречия, споры и даже осуждение. Пожалуй, самыми болезненными были обвинения в филокатоличестве и экуменизме. Смерть митр. Никодима в Ватикане в кабинете только что избранного на Римский престол папы Иоанна Павла I для некоторых недоброжелателей стала поводом усмотреть в этом неслучайное совпадение. Бесспорно, однако, что, пользуясь своим влиянием (в 1970-х он был вторым человеком в РПЦ после патриарха) и прирожденным блестящим умом, он сумел сделать для церкви очень и очень многое.
Он добился улучшения качества образования в Ленинградских духовных школах (они находились в его ведении). Очень многое он сделал и для возвращения к литургической норме в церкви - читал вслух «тайные» молитвы, призывал верующих причащаться за каждой литургией. Он ввел в церковную практику литургию св. ап. Иакова и служил ее в течение десяти лет дважды в год: в день памяти св. ап. Иакова - 23 октября (ст. ст.) и на второй день Рождества Христова. Сначала эта литургия совершалась только в храме академии и первоначально была воспринята как новшество, но вскоре она привлекла многих верующих своей целостностью и возможностью всем участникам живо ощутить свою близость друг к другу, осознать себя едиными во Христе. Затем литургия св. ап. Иакова стала совершаться также в Свято-Троицком соборе Александро-Невской лавры и в других местах. Митр. Никодим вводил в богослужение чтение молитв на русском языке и сам переводил их (в частности, перевел с греческого покаянный канон прп. Андрея Критского).
Другим важным делом на пользу церкви стало выступление митр. Никодима на Архиерейском соборе Русской православной церкви 1971 г. с особым докладом, в котором, опираясь на исторические факты и труды своих предшественников, он высказался за упразднение клятв, наложенных Московскими соборами 1656 и 1667 гг. на старообрядцев. Результатом этого выступления стало постановление собора о снятии клятв, что открыло новые возможности для установления братского общения со старообрядцами.
Почивший в этом году член Попечительского совета СФИ проф.-протопр. Виталий Боровой, который много общался с митр. Никодимом, вспоминал о владыке на международной богословской конференции «Личность в Церкви и обществе», которую проводил СФИ в 2001 году: «Он был человеком необычайных способностей и ума. И относительно церкви далеко вперед видел. Если бы он не умер, церковь иначе выглядела бы сейчас. У него были планы, планы не обновленчества, упаси нас Боже, а возрождения, обновления, оживления церкви. И служил он действительно самозабвенно. Денно и нощно служил. ... Если бы Никодим (Ротов) получил в свое время настоящее религиозно-философское, богословское образование, это был бы величайший, гениальный мыслитель. Я написал о нем в книге «Человек Церкви». Я не знал другого такого человека, который был бы так же умен. Царство ему Небесное. А настоящая история его жизни еще будет написана».