Теперь по субботам и воскресеньям он служит в храме Святителя Николая при центре им. Пирогова.
Список регалий и заслуг 62-летнего Юрия Шевченко занял бы несколько страниц мелким шрифтом. Вот лишь некоторые из них: с 1991 года и по настоящее время Юрий Леонидович возглавляет клинику сердечно-сосудистой хирургии им. П. А. Куприянова, он же с 1992 года начальник Российской Военно-медицинской академии, председатель ученого совета академии (с 1992 г.), генерал-полковник медицинской службы (1995), доктор медицинских наук (1987), профессор (1991), член-корреспондент Российской академии медицинских наук (1997), заслуженный деятель науки РФ (1996), вице-президент (1996) Российской академии естественных наук, академик Международной академии наук по экологии, безопасности человека и природы (1996).
5 июля 1999 года Указом Президента Российской Федерации Шевченко был назначен министром здравоохранения России.
Научный руководитель и консультант 17 докторских и 32 кандидатских диссертаций, автор более 360 научных и учебно-методических работ сейчас является президентом Национального медико-хирургического комплекса имени Пирогова. К этому многочисленному списку он добавил еще одно звание. Но уже духовное.